Abstract
With the amount of genetic information available, a lot of attention has focused on systems biology, in particular biomolecular interactions. Considering the huge number of such interactions, and their often weak and transient nature, conventional experimental methods such as X‐ray crystallography and NMR spectroscopy are not sufficient to gain structural insight into these. A wealth of biochemical and/or biophysical data can, however, readily be obtained for biomolecular complexes. Combining these data with docking (the process of modeling the 3D structure of a complex from its known constituents) should provide valuable structural information and complement the classical structural methods. In this review we discuss and illustrate the various sources of data that can be used to map interactions and their combination with docking methods to generate structural models of the complexes. Finally a perspective on the future of this kind of approach is given.
References
190
Referenced
116
10.1002/prot.10115
10.1016/S0065-3233(02)61001-0
10.1146/annurev.biophys.32.110601.142532
10.1016/j.tibtech.2004.01.006
10.1002/prot.10381
10.2174/1568026043451104
10.1021/ja026939x
10.1016/j.sbi.2004.04.006
10.1016/S1367-5931(00)00251-9
10.1073/pnas.93.19.10315
10.1002/cbic.200390008
10.1126/science.7529940
10.1016/S0959-440X(02)00283-X
10.1093/bioinformatics/17.3.284
10.1016/0092-8674(84)90278-2
10.1074/jbc.R300037200
10.1074/jbc.R100024200
10.1016/j.sbi.2004.03.006
10.1089/154065804322966342
10.1016/S0022-2836(03)00721-6
10.1021/bi011870b
10.1038/73331
10.1110/ps.0233303
10.1016/j.pnmrs.2004.02.001
10.1023/A:1020948529076
10.1023/B:JNMR.0000013706.09264.36
10.1021/bi034545s
10.1006/jmbi.1997.1203
10.1093/protein/14.2.105
10.1093/protein/8.4.371
10.1006/jmbi.1996.0634
10.1002/prot.10391
10.1002/prot.10389
10.1093/protein/7.6.761
10.1002/jcc.540150503
10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B
10.1002/jcc.20082
10.1021/bi9903953
10.1093/emboj/cdf627
10.1021/bi030176o
10.1093/nar/26.20.4688
10.1073/pnas.93.15.7507
10.1002/prot.10244
10.1038/nsb0295-154
10.1002/(SICI)1097-0134(199611)26:3<257::AID-PROT2>3.0.CO;2-B
10.1006/jmbi.1997.1198
10.1074/jbc.M314168200
10.1002/(SICI)1097-0134(20000501)39:2<178::AID-PROT8>3.0.CO;2-6
10.1074/jbc.M307764200
10.1073/pnas.2232255100
10.1006/jmbi.1999.2820
10.1002/prot.10439
10.1002/(SICI)1097-0134(20000601)39:4<372::AID-PROT100>3.0.CO;2-Q
10.1021/bi034829c
10.1110/ps.07501
10.1002/1439-7633(20020603)3:6<526::AID-CBIC526>3.0.CO;2-N
10.1021/bi026296y
10.1021/bi992306s
10.1074/jbc.M212353200
10.1002/prot.340170305
10.1016/S1093-3263(02)00206-1
10.1074/jbc.M208956200
10.1529/biophysj.103.039461
10.1023/A:1013324104681
10.1023/A:1023812930288
10.1016/j.str.2004.04.015
10.1021/ja017242z
10.1002/prot.10397
10.1021/ja011240x
10.1080/07391102.2003.10506883
10.1016/S0300-9084(02)01449-9
10.1002/prot.340210305
10.1038/sj.emboj.7600367
10.1074/jbc.M206205200
10.1016/S0006-3495(02)75270-3
10.1073/pnas.042699899
10.1073/pnas.221290398
10.1529/biophysj.103.034546
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/ X‐PLOR 3.1 Manual by Brunger AT (1992)10.1016/S0969-2126(98)00035-5
10.1021/ja0112700
10.1023/B:JNMR.0000032613.05864.87
10.1021/bi970251t
10.1021/ja028893d
10.1021/bi036149f
10.1016/S0079-6565(97)00025-3
10.1002/prot.340170307
10.1016/j.str.2004.03.004
10.1074/jbc.M309808200
10.1074/jbc.M404130200
10.1016/j.jmb.2004.08.103
10.1016/j.str.2004.03.006
10.1074/jbc.M312865200
10.1074/jbc.M400029200
10.1016/j.jmb.2003.12.062
10.1038/sj.emboj.7600152
10.1126/science.1097064
10.1002/prot.1099
10.1016/S0959-440X(02)00284-1
10.1046/j.1432-1033.2002.02767.x
10.1006/jmbi.2001.4870
10.1006/jmbi.2001.4540
10.1006/jmbi.2000.4474
10.1006/jmbi.1996.0167
10.1006/jmbi.2001.5327
10.1016/j.jmb.2004.02.040
10.1096/fj.04-1570hyp
10.1093/nar/gkh411
10.1002/prot.10530
10.1074/jbc.M110298200
10.1021/bi0206715
10.1074/jbc.M207370200
10.1002/prot.10222
10.1101/gr.1145203
10.1126/science.1092645
10.1016/S0092-8674(01)00539-6
10.1006/abbi.1999.1514
10.1016/j.bbrc.2003.08.093
10.1021/bi0028946
10.1016/S0006-3495(98)77665-9
10.1021/bi0351099
10.1093/emboj/cdg448
10.1074/jbc.M400364200
10.1016/j.jmb.2004.09.001
10.1038/sj.emboj.7600310
10.1016/S0022-2836(02)00651-4
10.1074/jbc.M400803200
10.4049/jimmunol.166.8.5078
10.1016/S0959-440X(00)00190-1
10.1006/jmbi.2000.3885
10.1006/jmbi.1998.2512
10.1021/bi034914k
10.1021/ar0302235
10.1023/A:1011216130486
10.1021/ja039480v
10.1021/ja039601r
10.1002/prot.10637
10.1002/prot.20151
10.1073/pnas.090099097
10.1073/pnas.182552199
10.1110/ps.0305003
10.1110/ps.04781504
10.1110/ps.0236503
10.1017/S135583820202407X
10.1042/BJ20011520
10.1093/bioinformatics/btg1020
10.1073/pnas.96.12.6637
10.1126/science.279.5358.1925
10.1021/bi026596f
10.1074/jbc.M309007200
10.1074/jbc.M311413200
10.1002/prot.10445
10.1074/jbc.M008110200
10.1021/bi980642n
10.1016/S0006-3495(98)77835-X
10.1006/jmbi.1999.2887
10.1126/science.275.5298.381
10.1110/ps.03390504
10.1042/BJ20021369
10.1074/jbc.M111628200
10.1021/bi9529162
10.1002/(SICI)1097-0134(19981201)33:4<535::AID-PROT6>3.0.CO;2-D
10.1016/S0006-3495(99)76971-7
10.1016/S0022-2836(03)00275-4
10.1073/pnas.96.14.7785
10.1016/j.jmb.2004.06.081
10.1021/bi962719i
10.1073/pnas.1634989100
10.1016/S0022-2836(02)01198-1
10.1074/jbc.M309184200
10.1074/jbc.M304313200
10.1038/87603
10.1021/ja020983v
10.1046/j.1432-1033.2002.02787.x
10.1093/nar/29.12.2635
10.1016/S0022-2836(95)80064-6
10.1021/bi961769k
10.1021/bi002124u
10.1021/bi012053e
10.1016/j.ab.2004.05.008
10.1021/bi00155a005
10.1002/jmr.530
10.1016/j.jmb.2003.08.050
10.1023/A:1008290631575
10.1021/ja002233w
10.1016/j.jmb.2004.05.061
10.1038/374739a0
10.1107/S0021889891004399
10.1107/S0907444994006396
10.1038/sj.emboj.7600064
Dates
Type | When |
---|---|
Created | 20 years, 7 months ago (Jan. 12, 2005, 9:01 a.m.) |
Deposited | 1 year, 9 months ago (Oct. 31, 2023, 6:53 p.m.) |
Indexed | 3 weeks, 5 days ago (July 30, 2025, 11:22 a.m.) |
Issued | 20 years, 8 months ago (Dec. 21, 2004) |
Published | 20 years, 8 months ago (Dec. 21, 2004) |
Published Online | 20 years, 8 months ago (Dec. 21, 2004) |
Published Print | 20 years, 7 months ago (Jan. 1, 2005) |
@article{van_Dijk_2004, title={Data‐driven docking for the study of biomolecular complexes}, volume={272}, ISSN={1742-4658}, url={http://dx.doi.org/10.1111/j.1742-4658.2004.04473.x}, DOI={10.1111/j.1742-4658.2004.04473.x}, number={2}, journal={The FEBS Journal}, publisher={Wiley}, author={van Dijk, Aalt D. J. and Boelens, Rolf and Bonvin, Alexandre M. J. J.}, year={2004}, month=dec, pages={293–312} }